Ombudsmanul European investighează plângerile privind cazuri de administrare defectuoasă în activitatea instituţiilor şi organelor Uniunii Europene (UE). Printre instituţii se numără Comisia Europeană, Consiliul UE şi Parlamentul European. Agenţia Europeană pentru Medicamente şi Fundaţia Europeană pentru Îmbunătăţirea Condiţiilor de Viaţă şi de Muncă sunt două exemple de organe ale Uniunii pe care Ombudsmanul le poate ancheta.